La ciudad portuaria de Cartagena de Indias tiene antecedentes masónicos desde los primeros años del siglo XIX, tras la fundación, en 1808, de la Logia Las tres virtudes teologales. Allí se fundó, también, la Logia madre Hospitalidad Granadina y el Supremo Consejo Neo Granadino del Grado 33° del Rito Escocés Antiguo y Aceptado. 

Por iniciativa de este último, en la segunda década de siglo XX, las Logias simbólicas que estaban bajo su obediencia, quedaron en libertad para organizarse como Gran Logia. Como consecuencia, el 1° de enero de 1920, fue solemnemente instalada la Serenísima Gran Logia Nacional de Colombia, con sede en Cartagena, siendo su primer Gran Maestro el M. R. H. Francisco García Carbonell. 

Las Logias fundadoras fueron Hospitalidad Granadina N°1, Unión N°9, Cartagena N°52 y Aurora N°62, que se hallaba bajo dispensa. 

En la actualidad, trabajan bajo su obediencia las RR. LL. Hospitalidad Granadina N°1, Lumen N°14, Unión N°9, Cartagena N°52, Germinación del Caribe N°77, Colombia N°61, Caballeros de la Luz N°85, Luz de la Fraternidad N°86, Estrella de Salomón N°78, Unida Simón Boza Pereira, Luz del Carmen 21 N°60, Sol de Sabanas N°56, Aurora N°62, Renovación Aurora N°76, Estrella de Sincelejo N°75, Saint Andrew’Lodge N°83, Providence Lodge N°79, Unión Momposina N°14-84 y Fraternidad de la Sierra Flor N°80. 

La Serenísima Gran Logia Nacional de Colombia, con sede en Cartagena de Indias, integra la Confederación Masónica Colombiana, la Confederación Masónica Bolivariana, la Confederación Masónica Interamericana y la Conferencia Mundial de Grandes Logias Regulares. 

En estos días, siendo Gran Maestro el M. R. H. Rafael Eduardo Betancourt Pérez, la Serenísima Gran Logia Nacional de Colombia, con sede en Cartagena de Indias, será la sede de la XXVII Gran Asamblea de la Confederación Masónica Interamericana, C. M. I.